Missing coverage evidence...
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CTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCA  >  minE/1799721‑1799768                                                | cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:166430/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:945922/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:908406/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:881390/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:873758/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:783634/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:734878/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:701875/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:666565/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:592575/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:578365/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:475265/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:269451/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:228334/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1001964/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1522792/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1517878/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1491434/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1485397/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1423561/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1403787/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1334611/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1310411/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1252471/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1208631/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1172676/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1152550/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1094819/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCa  <  1:1082591/48‑1 (MQ=255) cTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGGTTATCTGGTGCCa  <  1:67017/48‑1 (MQ=255)                                                | CTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCA  >  minE/1799721‑1799768

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑