Missing coverage evidence...
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TGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGGA  >  minE/1969032‑1969070                                       | tGCGCCGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:296143/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:421809/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:334802/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:337406/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:342333/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:363770/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:366630/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:368368/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:390283/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:406894/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:418025/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:315516/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:561003/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:580883/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:595193/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:641787/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:866011/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:8888/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:941843/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:950841/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:958678/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1359136/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1011442/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:104155/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1092711/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1116083/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1129894/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1201496/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1283405/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1353105/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1004469/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1405884/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1411133/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1434817/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:144131/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1522061/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:1525149/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:209973/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:287261/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGga  <  1:290016/39‑1 (MQ=255) tGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCACga  <  1:666408/39‑1 (MQ=255)                                       | TGCGCAGGTGAAAACCCTGAGCGATCAGGCATGTCAGGA  >  minE/1969032‑1969070

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑