Missing coverage evidence...
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GGTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGA  >  minE/2341089‑2341150                                                              | ggTCACGGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:438725/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:633120/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1023823/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:457172/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:462983/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:505851/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:570753/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:575239/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:575645/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:595748/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:631802/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:431442/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:638004/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:643477/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:760983/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:855881/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:856629/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:885851/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:905605/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:922167/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:971921/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1394963/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1026397/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1028992/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1126529/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:113412/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1217307/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1230093/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1239381/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1374888/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:422620/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1415466/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1441117/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:1455421/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:160768/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:176784/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:196170/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:202616/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:239612/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:337725/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:360651/62‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:417933/62‑1 (MQ=255)      ccGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:888101/57‑1 (MQ=255)                   aaaGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:67912/44‑1 (MQ=255)                   aaaGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGa  <  1:956764/44‑1 (MQ=255)                                                              | GGTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGA  >  minE/2341089‑2341150

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑