Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ minE 2543861 2544021 161 103 [0] [0] 50 rfaL O‑antigen ligase

Only 100 of 103 total aligned reads displayed.

GAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATTA  >  minE/2543792‑2543860
                                                                    |
gAACAATAGATGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATGATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1416706/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAAGACAAATta  >  1:827786/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:356520/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:542503/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:538868/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:534706/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:53296/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:526695/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:460609/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:459818/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:419029/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:404206/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:398925/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:360762/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:550399/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:354044/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:349946/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:344950/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:323216/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:317648/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:274131/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:268274/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:260830/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:231440/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:226182/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:218316/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:715077/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:977493/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:975501/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:966687/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:951132/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:940177/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:923901/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:838170/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:831391/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:815826/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:750670/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:736412/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:208302/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:712034/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:704875/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:682895/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:655327/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:653099/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:651343/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:650356/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:631816/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:615151/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:567816/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:566971/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1114122/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1000812/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1282814/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:125017/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1241010/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1227254/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1200839/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1163696/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1163140/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1160250/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1159014/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1157366/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:114783/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1289080/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1112418/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1093309/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1091998/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1087505/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1071580/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1047404/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1045742/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1039369/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:102041/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1016429/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1008805/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1304196/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:185660/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:183134/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:182355/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:163884/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1543894/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1523063/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1490015/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1487437/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1478351/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1471060/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1465498/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1457582/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1444513/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1430284/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1396114/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1386943/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1375779/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1353523/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1338477/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1310986/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:128925/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGAATTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:1012499/1‑69 (MQ=255)
gAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGGGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:304123/1‑69 (MQ=255)
gAACAAAAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATta  >  1:202504/1‑69 (MQ=255)
                                                                    |
GAACAATAGAGGAAGTGAATTTCTTGGGTGATTTATTATAATAAGCTATTAATGCAGCAACACAAATTA  >  minE/2543792‑2543860

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑