Missing coverage evidence...
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GCGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGCCAACCC  >  minE/2605910‑2605979                                                                      | gCGTAACTGCGATCCATTTCTCTATCAATATGTTGATGTAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1237415/70‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:607118/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:266027/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:276225/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:314829/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:369543/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:412052/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:438172/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:449819/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:501986/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:516859/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:577739/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:274357/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:624902/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:653368/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:678640/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:765775/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:799206/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:839497/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:847698/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:850649/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1337639/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1204059/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1232275/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1237402/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1259570/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1261815/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1282939/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1290175/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1299506/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:264094/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:133868/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:146129/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1470087/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1548264/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1552245/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:182379/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:25542/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTAACTCACATGGccaaccc  <  1:1455584/69‑1 (MQ=255)  cGTAACTGCGATCCACTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:632799/69‑1 (MQ=255)    tAACTGCGATCCATTTCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:781797/67‑1 (MQ=255)                     tctATCAATATGTTGAAGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:806606/50‑1 (MQ=255)                              atGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:164832/41‑1 (MQ=255)                               tGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGccaaccc  <  1:1007942/40‑1 (MQ=255)                                                                      | GCGTAACTGCGATCCATTGCTCTATCAATATGTTGATGGAGGGGGCTTTTTTACCTCACATGGCCAACCC  >  minE/2605910‑2605979

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑