Missing coverage evidence...
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CAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATC  >  minE/1003548‑1003587 |                                        cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:672695/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:310212/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:333891/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:349385/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:352425/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:381517/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:439684/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:440269/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:44073/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:504254/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:524778/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:573912/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:286027/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:693155/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:746990/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:760944/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:763073/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:802539/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:847463/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:881701/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:942777/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:964725/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:967987/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:986031/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1334619/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1031331/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1044979/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1058235/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1076899/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1095955/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1159987/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1162961/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1175267/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1260405/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1317596/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1330939/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1002765/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1394510/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1419538/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1467179/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1484035/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:1542553/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:172537/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:20545/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:221221/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:222041/40‑1 (MQ=255) cAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATc  <  1:22363/40‑1 (MQ=255) |                                        CAGAGCCGCCAGGTTCATTTTGTGACGGTTTGGCAGCATC  >  minE/1003548‑1003587

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑