Missing coverage evidence...
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TCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGC  >  minE/1028800‑1028862 |                                                               tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCTGc  <  1:400433/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:769907/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:510688/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:548969/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:599829/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:645916/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:703646/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:715158/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:749607/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:750102/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:762107/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:450335/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:789059/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:796076/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:907270/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:917102/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:918898/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:927935/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:935809/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:967948/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:973266/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1431415/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1055937/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1061018/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1140939/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1158764/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:117221/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1202497/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1213919/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1239009/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1345607/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:456771/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:156001/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:225955/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:260407/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:30140/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:362168/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:363097/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:380896/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:429464/63‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGc  <  1:1006884/63‑1 (MQ=255) |                                                               TCAGCGCCTGATGCACGGCGTATTTGGCTACAGCCGCTGGAAAAACGATGAGTTTCTCGCGGC  >  minE/1028800‑1028862

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑