Missing coverage evidence...
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GTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTA  >  minE/1072058‑1072120   |                                                             gTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTg    <  1:1369128/61‑1 (MQ=255) gTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTg    <  1:622725/61‑1 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGTATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:1503640/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATggtgggtg        >  1:302375/1‑55 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:699051/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:44406/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:50399/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:55162/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:585454/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:628122/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:628141/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:68099/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:418776/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:752230/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:75238/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:842162/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:861242/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:876923/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:923185/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:936975/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:42152/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:1050599/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:412570/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:408028/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:408003/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:36697/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:30087/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:297787/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:270948/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:1507823/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:1502902/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:1461496/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:1136855/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:1105293/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:1081705/1‑61 (MQ=255)   cAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTa  >  1:1051771/1‑61 (MQ=255)   |                                                             GTCAGGGCTCAACGCTGGATGCGCAAACCGCTGCGCGGACCGGGCTTATGGTGGGTGTCTGTA  >  minE/1072058‑1072120

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑