Missing coverage evidence...
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TTGTGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAT  >  minE/1099708‑1099778 |                                                                       ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTa                              >  1:1272508/1‑43 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCt    >  1:1174044/1‑69 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:971904/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:1012469/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:875483/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:827064/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:778604/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:70212/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:61040/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:507074/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:489802/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:443029/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:402958/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:398320/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:387891/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:245769/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:1494024/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:1441173/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:1308319/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:1306480/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:1302648/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:1282626/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:1235566/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAt  >  1:1199074/1‑71 (MQ=255) |                                                                       TTGTGCAAATTGGCCTGACGTTAATGGCTGAACGTTTCCCTTACGCTAAAGGTAAAGCTACAGGGATCTAT  >  minE/1099708‑1099778

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑