Missing coverage evidence...
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TACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTCC  >  minE/1283870‑1283917 |                                                tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:754911/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:508691/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:531379/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:544806/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:554617/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:568027/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:577386/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:60129/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:617373/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:661542/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:682607/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:745961/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:508002/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:794497/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:819938/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:825322/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:901659/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:943194/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:971378/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:971908/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:98091/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:986974/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:999017/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1426951/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1120475/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1121935/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1131280/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1207332/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1237685/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1272664/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1316276/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1385946/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1423457/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1423582/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1023180/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:1464970/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:153575/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:163203/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:221040/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:271925/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:301402/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:32879/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:428932/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:472199/48‑1 (MQ=255) tACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTcc  <  1:505496/48‑1 (MQ=255) |                                                TACAGGCGCTACTCTGACGGCAACGCTAACCTCTGCAAATGGCACTCC  >  minE/1283870‑1283917

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑