Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1318070	1318575	506	23 [0]	[0] 55	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

TCATCATTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAG  >  minE/1318576‑1318646 |                                                                       tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCt                >  1:251200/1‑57 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAAt         >  1:879621/1‑64 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCtata   >  1:59205/1‑70 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCtata   >  1:1181606/1‑70 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCtata   >  1:1211084/1‑70 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCta     >  1:809995/1‑68 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCt      >  1:232279/1‑67 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:565333/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:613138/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:543008/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:530077/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:528415/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:463738/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:428062/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:383363/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:3822/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:348039/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:317987/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:591183/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:283626/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:614643/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:716338/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:741244/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:759453/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:776417/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:780612/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:787114/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:937520/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:973513/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:99388/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1301068/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1016445/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1030777/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1039416/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1047186/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1085746/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1086062/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1107371/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1146105/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:114697/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1188710/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1239784/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1290912/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:314209/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1390917/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1412208/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1428477/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1459107/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1483928/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1537011/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:170457/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:253136/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:27964/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:1014026/1‑71 (MQ=255) tcatcaTTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAg  >  1:302363/1‑71 (MQ=255) |                                                                       TCATCATTACCCTAACTGACGGAAATTTCCAAGTCCGCATAGTTTAGCGATAATCCTCGTGAATGCTATAG  >  minE/1318576‑1318646

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑