Missing coverage evidence...
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CTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGG  >  minE/1469082‑1469152 |                                                                       cTGCGTGGTATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1246996/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:45671/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:426847/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:55836/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:588502/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:606938/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:643355/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:654749/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:658462/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:673443/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:676378/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:706133/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:752553/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:823505/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:830427/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:835136/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:8638/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:922425/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1273538/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1023236/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1054084/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1089408/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1091031/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1099276/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1138782/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1202548/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1241873/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:448926/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1328190/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1463926/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:251556/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:288266/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:314251/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:347763/71‑1 (MQ=255) cTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATgg  <  1:1003433/71‑1 (MQ=255) |                                                                       CTGCGTGGGATCAGCTGCGAAATCAACCACTTTAATGCCTGTCGATGTCGGCTCACCAATCCCTGTAATGG  >  minE/1469082‑1469152

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑