Missing coverage evidence...
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TCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGT  >  minE/1643412‑1643480 |                                                                     tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCttt                            >  1:313812/1‑43 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCttt                            >  1:856576/1‑43 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTTCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:851131/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCaa              >  1:896668/1‑57 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCGAAGGTTTCGCAg   >  1:1301989/1‑68 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAg   >  1:1114679/1‑68 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAg   >  1:1143044/1‑68 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAg   >  1:669078/1‑68 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:390187/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:938890/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:527763/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:575103/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:69827/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:789153/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:848515/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:877062/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:894273/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1032596/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:337858/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:210588/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1557723/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1408686/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1402689/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1331240/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1319785/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1287157/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1261488/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1206096/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1131226/1‑69 (MQ=255) tCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:1107047/1‑69 (MQ=255) tCGCTATGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGt  >  1:333683/1‑69 (MQ=255) |                                                                     TCGCTTTGTAGGTCAGCTCTTTCATACGCGCCAGGTTCTCTTTGCTCACCCAGCCAAAGGTTTCGCAGT  >  minE/1643412‑1643480

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑