Missing coverage evidence...
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CGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACTT  >  minE/1695476‑1695546 |                                                                       cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1416000/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:869170/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:861970/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:778589/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:674295/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:630516/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:579244/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:353902/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:328075/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:246988/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1518216/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1505272/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1483838/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1467704/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1084626/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1409017/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1399303/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1387774/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1386105/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1323505/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:129221/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1279112/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1267362/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1183686/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1155937/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1142012/71‑1 (MQ=255) cGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACtt  <  1:1130438/71‑1 (MQ=255) |                                                                       CGGATACGGCGTCTCTTCATGCTCGACCTGCTCGCCGTTTTCCTGAGTTGCCAGCCAGGCCATGCGCACTT  >  minE/1695476‑1695546

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑