Missing coverage evidence...
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ATTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTGG  >  minE/1802950‑1802992 |                                           atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACcgcg         >  1:582069/1‑36 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:659712/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1037179/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:452589/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:457179/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:499788/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:506703/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:517179/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:563797/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:56475/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:568136/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:586858/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:611762/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:357314/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:662029/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:696274/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:782602/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:81772/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:832445/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:850280/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:894938/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:906984/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:911905/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:975950/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:989929/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1412278/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1108114/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1133211/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1135085/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1145251/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1225182/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:12296/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1241413/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1339253/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1341055/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1352752/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1354470/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:24101/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1420397/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1430924/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1455710/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1459835/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1474112/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:1504325/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:173542/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:190732/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:210118/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTgg  >  1:233615/1‑43 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTg   >  1:57890/1‑42 (MQ=255) atTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGAGATGCTgg  >  1:1221257/1‑43 (MQ=255) |                                           ATTTATGCAGGCGCGAGCCAGTTCGTCATTACCGCGATGCTGG  >  minE/1802950‑1802992

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑