Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1815757	1815759	3	45 [0]	[0] 30	recX	regulatory protein for RecA

CAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATGG  >  minE/1815760‑1815806 |                                               cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:230203/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:946360/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:93207/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:915737/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:787423/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:786334/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:771599/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:680956/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:639213/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:630236/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:59528/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:580976/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:40519/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:261538/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:233207/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1158655/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1529719/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:152931/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1500267/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1450746/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1444972/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1410609/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1359261/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1340674/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1316912/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1300460/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1287116/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1208773/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1203298/47‑1 (MQ=255) cAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATgg  <  1:1169145/47‑1 (MQ=255) |                                               CAACAGGCGAGCATATGCCGGGCGACGGGATGTTGATTCTGTCATGG  >  minE/1815760‑1815806

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑