Missing coverage evidence...
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CATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGAAAA  >  minE/1820030‑1820089 |                                                            cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTtc             >  1:693955/1‑49 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:734598/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:195347/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:219501/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:284020/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:329630/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:436910/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:581152/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:627847/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:189421/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:768370/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:833124/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:866050/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:895784/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:898133/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:908804/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:953860/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1003320/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:181921/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1533591/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1490380/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1415945/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1345277/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1336959/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1299523/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1224219/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1223855/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1222427/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1219970/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1214520/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1178983/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaaa  >  1:1068242/1‑60 (MQ=255) cATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGaaa   >  1:1315789/1‑59 (MQ=255) |                                                            CATTGCTTAACGCTCCCGCCGCCAGCGCAGCAATCAGCCGTAGCTCTTCGTCGCTGAAAA  >  minE/1820030‑1820089

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑