Missing coverage evidence...
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TTTTGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATGG  >  minE/1876244‑1876288 |                                             ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:835781/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:373644/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:468094/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:489357/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:492379/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:634542/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:718573/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:799810/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:804885/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:81041/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:307385/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:85764/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:882139/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:894154/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:909319/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:9278/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:952513/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:966198/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:99194/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:99976/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1308440/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1015977/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:104633/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1059492/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1123145/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1197062/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1217094/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1273338/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1282740/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1294200/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1007626/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1357078/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:138119/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1406882/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1509202/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1540546/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:1543722/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:240853/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:248046/45‑1 (MQ=255) ttttGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATgg  <  1:269960/45‑1 (MQ=255) |                                             TTTTGATCTGGCCTGCAGCAGTACCAACAGCCAGGTCAGCGATGG  >  minE/1876244‑1876288

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑