Missing coverage evidence...
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ATACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGT  >  minE/2416888‑2416958 |                                                                       aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:541369/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:292478/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:338643/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:419038/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:43283/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:466584/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:491967/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:502697/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:508258/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:263823/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:600730/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:615381/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:664325/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:724184/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:745170/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:847596/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:901425/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1248492/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1017083/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1021279/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1136153/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1144097/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1159431/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1181021/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1197604/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1199316/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1012354/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1349497/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:142898/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1453806/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:1482798/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:188792/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:203402/71‑1 (MQ=255) aTACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGt  <  1:205185/71‑1 (MQ=255) |                                                                       ATACCGATTTTGGCAAAAGTCAGTACGAACGGGCTGCCGTTGCTGCCTATTTCATTCCACGGGAAGATGGT  >  minE/2416888‑2416958

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑