Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2539089	2539587	499	89 [0]	[0] 34	[rfaI]–[rfaJ]	[rfaI],[rfaJ]

ATCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGA  >  minE/2539588‑2539651 |                                                                aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTg   >  1:947370/1‑63 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:347807/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:318192/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:419326/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:511495/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:554026/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:579161/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:616488/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:623883/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:652901/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:66503/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:760265/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:772782/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:803753/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:831145/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:909555/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:921558/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:142250/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1016179/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1022174/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1082592/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1118811/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1176261/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1201057/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1274374/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1412421/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:10146/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:143117/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1446229/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1463634/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:1477246/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:185658/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:188282/1‑64 (MQ=255) aTCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGa  >  1:22253/1‑64 (MQ=255) |                                                                ATCTTGATGGTGTAGGTGTTTCCATCACATCAATTGTCCTAAATAATCGACATATTAATCTTGA  >  minE/2539588‑2539651

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑