Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2662793	2662864	72	25 [0]	[0] 52	[rtcR]	[rtcR]

GGTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAATT  >  minE/2662865‑2662934 |                                                                      ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTATAACAATGAAtt  <  1:1256250/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:623478/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1558016/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:21203/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:232485/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:236149/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:256037/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:29177/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:331747/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:353120/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:510634/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:515723/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:547331/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:587300/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:601243/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1537997/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:639243/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:661485/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:674183/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:733780/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:773530/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:796431/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:860979/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:909293/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:941753/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:957897/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:959591/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1335810/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1055676/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1063817/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:107477/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1089176/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1159851/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1207952/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1208624/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1220316/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1258610/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1286469/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:128862/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1321865/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:100322/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1372450/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1375059/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1376887/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1377680/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1411168/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:144126/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1470066/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1478544/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1494189/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1501064/70‑1 (MQ=255) ggTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAAtt  <  1:1515290/70‑1 (MQ=255) |                                                                      GGTAAATTGGCTTTGCGGGAAATCTCCGGTTACGGACGTAAAGATATAATCTTTTTTAAAACAATGAATT  >  minE/2662865‑2662934

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑