Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	2664998	2665359	362	32 [0]	[0] 40	[rtcA]–[malT]	[rtcA],[malT]

CTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGA  >  minE/2665360‑2665412 |                                                     cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGAtt                   >  1:112766/1‑36 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:763035/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:481563/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:534872/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:53706/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:542002/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:550083/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:55467/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:576929/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:628509/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:64028/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:711495/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:475354/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:772863/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:785570/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:788826/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:794996/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:818615/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:93191/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:939026/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:996106/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1515529/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1018779/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1168506/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1182625/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1226485/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:138326/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1394236/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1424546/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:143155/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1482659/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1011751/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:1547376/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:185074/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:222575/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:24497/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:274760/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:366645/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:40119/1‑53 (MQ=255) cTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGa  >  1:421062/1‑53 (MQ=255) |                                                     CTGGCGATGGGCCACGCCGAGTTTCTGATACAGATTGCGGATATGCGTTTTGA  >  minE/2665360‑2665412

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑