Missing coverage evidence...
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CTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAT  >  minE/2935325‑2935372 |                                                cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGTAt  <  1:553114/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:835446/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:667623/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:680460/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:708457/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:721872/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:729029/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:748275/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:777291/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:778678/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:788792/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:833349/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:43992/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:8371/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:84797/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:854951/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:907981/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:916770/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:916987/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:929090/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:952657/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:97058/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:974282/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1535648/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1037801/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1048208/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1116001/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1117794/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:130111/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1339791/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1386847/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1464951/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1488298/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1520916/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1523432/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:1011356/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:167488/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:204626/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:223364/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:245046/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:307097/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:334817/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:337761/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:356839/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:364322/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAt  <  1:417357/48‑1 (MQ=255) cTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCCTTGGCCGGAt  <  1:610125/48‑1 (MQ=255) |                                                CTAAAGGTTCGGCAAAAGCCATAACCTTTTCGTCAGCTTTGGCCGGAT  >  minE/2935325‑2935372

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑