Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	386,527	C→A	A579A (GCC→GCA)	cstA →	carbon starvation protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	386,527	0	C	A	88.1%	112.8 / 7.5	42	A579A (GCC→GCA)	cstA	carbon starvation protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/5);  new base A (0/37);  total (0/42)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01

TGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTA  >  minE/386472‑386542                                                        |                tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTTGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:629351/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTa  <  1:108541/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTa  <  1:499505/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1123006/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:246458/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:219421/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:261305/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:280680/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:321886/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:452948/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:50646/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:576003/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:592835/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:618940/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:637889/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:733263/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:781151/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:824078/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:873000/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:891424/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:927826/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:954068/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:18854/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1031737/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1055318/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1110892/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1112744/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1318808/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1323746/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1325104/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1449631/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1450837/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1482629/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:150316/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1545591/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1552508/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:160221/71‑1 (MQ=255) tGGCGCTGATGCGCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1040920/71‑1 (MQ=255)   gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATTAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1122430/69‑1 (MQ=255)   gcgcTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1007158/69‑1 (MQ=255)                      ttgtgtTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCATGGGTGGCGCTGGTa  <  1:1016677/48‑1 (MQ=255)                      tggtgTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTa  <  1:538499/50‑1 (MQ=255)                                                        |                TGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTA  >  minE/386472‑386542

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑