Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	2,537,058	A→T	T234S (ACT→TCT)	rfaS →	lipopolysaccharide core biosynthesis protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,537,058	0	A	T	100.0%	61.3 / NA	19	T234S (ACT→TCT)	rfaS	lipopolysaccharide core biosynthesis protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/19);  total (0/19)

ATCTGGCTGGACTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATG  >  minE/2537048‑2537118           |                                                             aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1539221/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:921764/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:804106/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:702402/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:66922/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:580917/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:461416/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:284651/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:280487/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:196819/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1006721/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1532627/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1460431/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1445842/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1408119/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1242576/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1172183/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1127589/71‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGGTCTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATg  <  1:1068918/71‑1 (MQ=255)           |                                                             ATCTGGCTGGACTCTTCGTATACTTGAGGCACTATTTTTCAATAAAAAATTAATTACTAATAATATAAATG  >  minE/2537048‑2537118

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑