Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	2,905,264	A→T	F277Y (TTT→TAT)	treC ←	trehalose‑6‑P hydrolase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,905,264	0	A	T	100.0%	123.0 / NA	35	F277Y (TTT→TAT)	treC	trehalose‑6‑P hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/35);  total (0/35)

CAGGTGATGAAAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCA  >  minE/2905254‑2905323           |                                                            cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCTACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:335011/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:71857/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:365892/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:523397/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:526274/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:5830/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:599515/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:654777/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:681424/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:329644/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:724804/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:794349/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:826742/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:856087/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:868484/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:90526/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:911843/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:983062/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1433486/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1098457/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1106804/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1119839/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1186218/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1188911/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1208729/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1268725/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1348751/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1001446/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1451368/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1520577/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:1532611/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:191319/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:204877/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:210166/70‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCa  <  1:301009/70‑1 (MQ=255)           |                                                            CAGGTGATGAAAATTAAAGGTCATCGACAATTCACTGCCTGTCAGAGCCGCGTATCGCTGGCAATGCTCA  >  minE/2905254‑2905323

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑