Predicted mutation
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RA	minE	1,677,666	3 bp→CCC	intergenic (‑116/+31)	ndk ← / ← pbpC	multifunctional nucleoside diphosphate kinase, apyrimidinic endonuclease, and 3'‑phosphodiesterase/fused transglycosylase and transpeptidase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,677,666	0	A	C	100.0%	354.8 / NA	99	intergenic (‑116/+33)	ndk/pbpC	multifunctional nucleoside diphosphate kinase, apyrimidinic endonuclease, and 3'‑phosphodiesterase/fused transglycosylase and transpeptidase
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*	minE	1,677,667	0	T	C	100.0%	352.9 / NA	99	intergenic (‑117/+32)	ndk/pbpC	multifunctional nucleoside diphosphate kinase, apyrimidinic endonuclease, and 3'‑phosphodiesterase/fused transglycosylase and transpeptidase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/99);  total (0/99)
*	minE	1,677,668	0	G	C	100.0%	355.6 / NA	99	intergenic (‑118/+31)	ndk/pbpC	multifunctional nucleoside diphosphate kinase, apyrimidinic endonuclease, and 3'‑phosphodiesterase/fused transglycosylase and transpeptidase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base C (0/99);  total (0/99)

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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑