| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | minE | 52,517 | T→C | E757E (GAA→GAG) | imp ← | exported protein required for envelope biosynthesis and integrity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 52,517 | 0 | T | C | 98.8% | 282.5 / ‑4.1 | 80 | E757E (GAA→GAG) | imp | exported protein required for envelope biosynthesis and integrity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (33/46); total (33/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
TACGGCAGAATGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGTTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGTTCAGCT > minE/52449‑52584 | tACGGCAGAATGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTc > 1:1556275/1‑71 (MQ=255) gCAGAATGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGAt < 1:1403024/70‑1 (MQ=255) gCAGAATGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATg > 1:121929/1‑71 (MQ=255) cAGAATGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGt < 1:1476304/71‑1 (MQ=255) gAATGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTa < 1:1450379/71‑1 (MQ=255) aaTGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGa > 1:2589263/1‑65 (MQ=255) aaTGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTaa < 1:2701554/71‑1 (MQ=255) aaTGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTaa < 1:1667866/71‑1 (MQ=255) aaTGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTaa < 1:1773280/71‑1 (MQ=255) tGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAg > 1:931127/1‑71 (MQ=255) ttCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGGCGCGAAGCTCGATGTTaaa < 1:1957795/68‑1 (MQ=255) ttCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGcc < 1:402443/71‑1 (MQ=255) ttCGAACGCAGAATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGc < 1:2634680/70‑1 (MQ=255) gAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGAt < 1:2140716/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGAtt > 1:2490289/1‑70 (MQ=255) aCGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTg < 1:2623968/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTg < 1:1070936/71‑1 (MQ=255) cGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGa > 1:2922466/1‑55 (MQ=255) agcaTCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGtt < 1:1148243/71‑1 (MQ=255) caTCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGa > 1:2011909/1‑50 (MQ=255) caTCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGtcg > 1:2803158/1‑68 (MQ=255) caTCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGt > 1:2438557/1‑71 (MQ=255) tctcTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATg < 1:199855/50‑1 (MQ=255) tctTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGtt > 1:682831/1‑50 (MQ=255) tctTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCata > 1:1466075/1‑71 (MQ=255) tctTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCata > 1:2471555/1‑71 (MQ=255) tctTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGATAAAGCCGAt > 1:1266408/1‑59 (MQ=255) ctTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCata > 1:2597861/1‑70 (MQ=255) ttGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCata < 1:2531921/69‑1 (MQ=255) tGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATAc > 1:2511527/1‑71 (MQ=255) gCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTg > 1:1649031/1‑57 (MQ=255) gCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATAcc > 1:2060999/1‑71 (MQ=255) cGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTc < 1:1175235/39‑1 (MQ=255) gTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTa < 1:2574494/45‑1 (MQ=255) gTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGc < 1:375495/71‑1 (MQ=255) tACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGa < 1:2136804/51‑1 (MQ=255) tACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCa < 1:2489775/62‑1 (MQ=255) tACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCa < 1:1493715/71‑1 (MQ=255) cccAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCAtata > 1:1694711/1‑64 (MQ=255) ccAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCatat < 1:1188304/62‑1 (MQ=255) cAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTaaa > 1:1146351/1‑42 (MQ=255) cAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTc < 1:326793/57‑1 (MQ=255) cAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCAtgtt < 1:1042499/71‑1 (MQ=255) cAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCAtgtt < 1:1470187/71‑1 (MQ=255) cAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCAtgtt < 1:1983987/71‑1 (MQ=255) aGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTg > 1:1343432/1‑49 (MQ=255) aGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCAtgttg > 1:640553/1‑71 (MQ=255) aGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCAtgttg > 1:2215023/1‑71 (MQ=255) aGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCAtgttg > 1:1544713/1‑71 (MQ=255) cccGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATgttgtt > 1:1643042/2‑71 (MQ=255) ccGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGttt < 1:2072962/71‑1 (MQ=255) cGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGc < 1:2726891/46‑1 (MQ=255) cGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTa < 1:813018/71‑1 (MQ=255) tAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATc > 1:2206970/1‑71 (MQ=255) gTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCg < 1:882658/70‑1 (MQ=255) gTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGt < 1:2002342/71‑1 (MQ=255) gTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGt < 1:1235297/71‑1 (MQ=255) ttGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCg > 1:2258202/1‑36 (MQ=255) ttGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTc < 1:2282325/47‑1 (MQ=255) ttGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGtt < 1:2239432/71‑1 (MQ=255) ttGGAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGtt < 1:2210649/71‑1 (MQ=255) ggAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCa > 1:380143/1‑46 (MQ=255) ggAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGt > 1:903566/1‑68 (MQ=255) ggAGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTa < 1:464581/70‑1 (MQ=255) aGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGc < 1:388220/52‑1 (MQ=255) aGCTCAGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATcc > 1:1587657/1‑71 (MQ=255) aGGCCGCGAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGtt < 1:2884268/35‑1 (MQ=255) gacgcgAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAAcc > 1:1460073/3‑69 (MQ=255) ccGCGAAGTTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGtt < 1:834262/71‑1 (MQ=255) cgcgAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGtt < 1:1835130/70‑1 (MQ=255) cgcgAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGTTc < 1:1444722/71‑1 (MQ=255) gcgAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCata < 1:1321122/36‑1 (MQ=255) gcgAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCata < 1:640819/36‑1 (MQ=255) gcgAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGtt > 1:1420184/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGtt > 1:1464979/1‑69 (MQ=255) gcgAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGTTCa < 1:315658/71‑1 (MQ=255) gAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGTTCAGc > 1:2417223/1‑71 (MQ=255) gAAGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGTTCAGc < 1:2216487/71‑1 (MQ=255) aaGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGTTCAGCt < 1:389619/71‑1 (MQ=255) aaGCTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGTTCAGCt < 1:2568035/71‑1 (MQ=255) | TACGGCAGAATGTTCGAACGCAGCATCTCTTGCGTACCCAGACCGTAGTTGGAGCTCAGGCCGCGAAGTTCGATGTTAAAGCCGATTGCGTTGTCATATACCGCATGTTGTTTATCGTTATCCCAACCGTTCAGCT > minE/52449‑52584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |