Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	400,332	A→G	F402L (TTT→CTT)	dacA ←	D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	400,332	0	A	G	100.0%	194.6 / NA	55	F402L (TTT→CTT)	dacA	D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (28/27);  total (28/27)

TTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTCCGGGAT  >  minE/400268‑400395                                                                 |                                                                tttttACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGt                                                            <  1:1964649/70‑1 (MQ=255)  ttttACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTaaccaagcca                                                              >  1:625174/1‑67 (MQ=255)  ttttACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGa                                                          >  1:2007450/1‑71 (MQ=255)  ttttACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGa                                                          >  1:711190/1‑71 (MQ=255)   tttACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGAt                                                         >  1:2724345/1‑71 (MQ=255)      aCTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATgg                                                       <  1:1807601/70‑1 (MQ=255)        tGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGaa                                                     >  1:1057479/1‑70 (MQ=255)        tGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGaa                                                     >  1:1751956/1‑70 (MQ=255)            gCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACAt                                                  >  1:228877/1‑69 (MQ=255)              ttAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACAttaa                                               <  1:286827/70‑1 (MQ=255)              ttAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACAtta                                                <  1:463241/69‑1 (MQ=255)                 gTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACAttaattta                                           <  1:1376265/71‑1 (MQ=255)                    tatGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATgg                                                       <  1:1358079/56‑1 (MQ=255)                      tGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAg                                                             <  1:2255420/48‑1 (MQ=255)                      tGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGt                                       >  1:2972661/1‑70 (MQ=255)                      tGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTa                                      <  1:2328246/71‑1 (MQ=255)                        gggACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGa                                                      <  1:1633384/53‑1 (MQ=255)                        gggACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGa                                                      <  1:142239/53‑1 (MQ=255)                         ggACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAAt                                    >  1:908578/1‑70 (MQ=255)                          gACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAg                                                             >  1:1756917/1‑44 (MQ=255)                          gACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAAt                                    >  1:2776372/1‑69 (MQ=255)                          gACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATc                                   >  1:2779665/1‑70 (MQ=255)                           aCGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATgg                                                       <  1:2745163/49‑1 (MQ=255)                            cGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAAt                                <  1:350009/71‑1 (MQ=255)                             ggAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAAc                                                    <  1:651988/50‑1 (MQ=255)                             ggAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACAttaat                                              >  1:138146/1‑56 (MQ=255)                             ggAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAAt                                >  1:2799731/1‑70 (MQ=255)                                aaTTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGAtt                            >  1:312655/1‑71 (MQ=255)                                 aTTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGAttt                           >  1:1534248/1‑71 (MQ=255)                                 aTTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGAttt                           >  1:1712699/1‑71 (MQ=255)                                  ttACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACAttaattta                                           <  1:230573/54‑1 (MQ=255)                                  ttACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACAttaattta                                           <  1:802042/54‑1 (MQ=255)                                  ttACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACAttaattta                                           <  1:1687143/54‑1 (MQ=255)                                   tACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTg                         >  1:909407/1‑71 (MQ=255)                                     cacTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGcc                       <  1:223289/71‑1 (MQ=255)                                      acTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGAt                                                         >  1:295705/1‑36 (MQ=255)                                          tCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGaa                                                     >  1:1178493/1‑36 (MQ=255)                                          tCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCgaag                   >  1:1435354/1‑70 (MQ=255)                                              gtgtTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCga                     >  1:2943794/1‑64 (MQ=255)                                              gtgtTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGtt              <  1:746708/71‑1 (MQ=255)                                                gtTTAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTAc            >  1:1404429/1‑71 (MQ=255)                                                   tAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGAtttt                          <  1:2882650/54‑1 (MQ=255)                                                   tAATTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCt          <  1:2893748/70‑1 (MQ=255)                                                    aaTTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCgaa                    >  1:2067309/1‑59 (MQ=255)                                                    aaTTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCt          <  1:2644738/69‑1 (MQ=255)                                                    aaTTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTc        >  1:2237119/1‑71 (MQ=255)                                                     aTTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGAttt                           >  1:1614718/1‑51 (MQ=255)                                                     aTTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTcc       <  1:1370899/71‑1 (MQ=255)                                                     aTTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTc        <  1:33027/70‑1 (MQ=255)                                                     aTTTTTAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTc        <  1:2637868/70‑1 (MQ=255)                                                      tttttAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGt                                       <  1:578956/38‑1 (MQ=255)                                                      tttttAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTCCg      >  1:2614188/1‑71 (MQ=255)                                                        tttAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTCCgg     <  1:3017746/70‑1 (MQ=255)                                                        tttAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTCCgg     <  1:2926572/70‑1 (MQ=255)                                                         ttAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTCCGGGa   >  1:1935077/1‑71 (MQ=255)                                                          tAACCAAGCCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTCCGGGAt  >  1:2376473/1‑71 (MQ=255)                                                             ccaagccaGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTCCg      <  1:683927/64‑1 (MQ=255)                                                                 |                                                                TTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTAATCAATGATTTTGCCGAAGAAGTTACCTTCCGGGAT  >  minE/400268‑400395

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑