Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	478642	478647	6	43 [0]	[0] 17	cydA	cytochrome d terminal oxidase, subunit I

ATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACG  >  minE/478576‑478642                                                                  |  aTCTCTTCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAct  <  1:671805/67‑2 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCTGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1748620/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:666352/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:2219019/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:2303703/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:311791/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:319520/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:347068/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:36159/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:364615/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:44321/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:539817/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1029080/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:729720/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:74015/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:745247/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:791107/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:809547/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:823315/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:830120/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:887489/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:954652/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:2163462/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1003835/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1038956/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1099781/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1209858/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1233595/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1317991/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1461071/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1528941/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1548369/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1608718/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1706777/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:17552/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1875126/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1900568/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1983648/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:2124396/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:2172684/66‑1 (MQ=255) aTCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCAGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:184485/66‑1 (MQ=255)                 gTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:960301/50‑1 (MQ=255)                             ttCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTAc   <  1:1499376/38‑1 (MQ=255)                                                                  |  ATCGCTGCCAGCTTCGGTATGGCTGCTGTTCTGTCTGTTATTGTTCTGGGTGATGAATCCGGCTACG  >  minE/478576‑478642

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑