Missing coverage evidence...
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TACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAACGCG  >  minE/549258‑549324                                                                   | tACGATGTGCCTCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:127610/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCGAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1762132/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:418632/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:2058846/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:210660/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:2147613/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:227465/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:2294463/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:2305325/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:2306714/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:315154/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:350803/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:359744/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:2011644/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:446620/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:536501/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:54020/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:595764/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:748851/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:872132/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:91691/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:933370/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:969863/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:985101/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1635976/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1094314/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1167011/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1217072/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1278289/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1300947/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1375030/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1445818/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1597978/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:2029638/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1683837/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1755129/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1770843/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1791820/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1877179/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:193939/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1955814/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1966325/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1980217/67‑1 (MQ=255) tACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1034697/67‑1 (MQ=255)  aCGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCGATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:747738/66‑1 (MQ=255)  aCGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1499515/66‑1 (MQ=255)                  cAGGGATCATATTGCGCCTGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAAcgcg  <  1:1526834/50‑1 (MQ=255)                                                                   | TACGATGTGCCGCATGCCAGGGATCATATTGCGCCAGATTGCCATTAAAGACGTTGGCGAAAACGCG  >  minE/549258‑549324

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑