Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1125646	1125735	90	25 [0]	[1] 2	[pheS]	[pheS]

GCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTCC  >  minE/1125592‑1125645                                                      | gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCCCAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:2010701/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:188027/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:975198/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:802305/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:61477/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:484186/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:301333/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:281320/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:2309932/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:2165650/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:2092269/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:2079076/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:1898430/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:105817/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:1794992/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:154734/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:1404428/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:1397738/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:139653/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:1324922/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:1300304/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:122301/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:1204812/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:1166379/1‑54 (MQ=255) gCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTcc  >  1:1064464/1‑54 (MQ=255)                                                      | GCCGGGTTCACCCATTCGCGTAACCACAGTTCACTGAATTTCATAATCTATTCC  >  minE/1125592‑1125645

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑