Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1208378	1208388	11	42 [0]	[0] 5	manZ	mannose‑specific enzyme IID component of PTS

GTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACG  >  minE/1208311‑1208377                                                                   | gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTTGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1108223/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:2043249/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:941291/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:2131025/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:2201581/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:2306581/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:253670/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:342005/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:398608/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:48355/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:495537/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:655106/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:676258/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:699317/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:71633/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:730621/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:771167/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:788181/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:924034/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1063084/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1480758/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1198541/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:122998/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1259252/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:134039/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1402298/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1424929/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1474989/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:2022655/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1535886/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1562269/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1660351/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1753227/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1797377/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:183753/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1893784/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1943555/67‑1 (MQ=255) gtaTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:2022471/67‑1 (MQ=255)  taTGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:788768/66‑1 (MQ=255)    tGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:815546/64‑1 (MQ=255)                 ggTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACg  <  1:1345659/51‑1 (MQ=255)                        atatGGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAATAAGTGACg  <  1:2175754/44‑1 (MQ=37)                                                                   | GTATGGTTACTCCAAAGGTATCGATATCGTTAAAGATATGGGTGGTGGCTTCCTGCAAAAACTGACG  >  minE/1208311‑1208377

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑