Missing coverage evidence...
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GATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGT  >  minE/1242935‑1243000                                                                  | gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:2000037/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:956782/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:908902/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:847053/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:770224/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:763893/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:745597/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:660193/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:652954/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:502048/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:477982/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:40685/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:393994/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:2115275/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1144790/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1913602/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1670326/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1168094/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1397060/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1436698/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1479931/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1505480/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1531133/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:159232/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1897262/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1679726/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1762591/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1771693/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1781925/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1828356/66‑1 (MQ=255) gATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:1870205/66‑1 (MQ=255)  aTTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACTGt  <  1:642694/65‑1 (MQ=255)  aTTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:290364/65‑1 (MQ=255)  aTTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:922053/65‑1 (MQ=255)                               cGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGt  <  1:741606/36‑1 (MQ=255)                                                                  | GATTGTCACCCAGGGCGACGTGATGAGTACCGTGGGTTCTACTAATACCACGCGTATTTTAACGGT  >  minE/1242935‑1243000

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑