Missing coverage evidence...
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GTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCAGGCCGTGTTCATTGCGCACCA  >  minE/1393969‑1394056                                                                   |                      gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:2060467/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:971124/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:919691/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:720557/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:707782/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:662262/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:589082/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:246371/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:2317875/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:2224684/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:2215464/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:2173554/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:101879/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:1924185/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:1645982/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:1630605/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:1453672/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:1439265/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:1403001/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:1381364/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:1275955/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:1159701/1‑67 (MQ=255) gTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCa                       >  1:109139/1‑67 (MQ=255)                       aTTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGCCGAGCATGCAGGCCGTGTTCATTGCGcacca  >  1:1661983/1‑66 (MQ=255)                                                                   |                      GTCACGGTAATATCACTGTTAAATTGTTTAATGGTATTGACCAGCATGGTACCTGGACGAGCATGCAGGCCGTGTTCATTGCGCACCA  >  minE/1393969‑1394056

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑