Missing coverage evidence...
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GAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAA  >  minE/1439257‑1439323                                                                   | gAGTGATCTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1377696/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGTTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1491905/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:353013/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1551391/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1895946/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1955789/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:2113172/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:236488/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:298220/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:3255/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1019829/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:384026/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:486341/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:487275/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:654343/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:850422/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:86078/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:871763/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:910720/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:941827/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1338643/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1031982/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1037243/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1045413/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:106264/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1062702/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:107203/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1146562/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1152360/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1154546/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:115825/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1160927/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1219899/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1220674/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1267063/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1305970/67‑1 (MQ=255) gAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:131558/67‑1 (MQ=255)  aGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:182176/66‑1 (MQ=255)  aGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1012377/66‑1 (MQ=255)  aGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:961822/66‑1 (MQ=255)           gTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:444946/57‑1 (MQ=255)                           ttGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1840441/41‑1 (MQ=255)                              aTTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGaa  <  1:1368891/38‑1 (MQ=255)                                                                   | GAGTGAACTGGTTGTCGTCCAGCAGGTTGATTTTGTAGTCAACGTAGGTGGACATGTTTTTGTTGAA  >  minE/1439257‑1439323

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑