Missing coverage evidence...
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GAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGATT  >  minE/1596240‑1596305                                                                  | gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1926691/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:980042/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:811552/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:734231/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:498621/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:438813/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:344319/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:336289/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:2292722/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:2257926/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:2058040/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:2049868/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1996627/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1052316/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1900041/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1885531/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1856858/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1832920/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1660298/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1504961/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1447107/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1446300/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1305723/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:123568/1‑66 (MQ=255) gAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGAtt  >  1:1231603/1‑66 (MQ=255)                                                                  | GAGCTATTATTCGGCAGGCGCGACTGCCAGTCGGCCGGGATCAGCTTGCCTTTATCGTGCAGGATT  >  minE/1596240‑1596305

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑