Missing coverage evidence...
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TGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGC  >  minE/1768034‑1768100                                                                   | tgttCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:2217467/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACGGc  <  1:389754/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:2208165/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:908333/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:842394/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:773998/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:732570/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:436200/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:409261/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:340802/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:229504/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:1127604/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:2147958/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:2075329/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:2002313/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:196720/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:1926467/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:1841487/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:1796022/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:172353/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:1669787/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:1594724/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:1366653/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:1334779/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:1258995/67‑1 (MQ=255) tgtgCACACGGAAGTGTTACATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:543995/67‑1 (MQ=255)  gtgCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:54736/66‑1 (MQ=255)       cacGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:395167/61‑1 (MQ=255)         cGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGc  <  1:231382/59‑1 (MQ=255)                                                                   | TGTGCACACGGAAGTGTTCCATGATGCGATAGTGAGTCACCGCTGGTTTGCCCATCGGATGCACCGC  >  minE/1768034‑1768100

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑