Missing coverage evidence...
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CATCATTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATC  >  minE/2288034‑2288100                                                                   | catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTATGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1439981/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1091103/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:965035/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:923270/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:765565/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:75705/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:691675/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:678617/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:595087/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:502421/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:489853/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:320541/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:225103/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:2182918/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:2151260/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1939462/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1590562/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1077875/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1098224/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1110882/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1434605/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1490898/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1532078/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1608412/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1660522/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1726321/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1742431/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1812806/67‑1 (MQ=255) catcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1903895/67‑1 (MQ=255)  atcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:483904/66‑1 (MQ=255)  atcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:481293/66‑1 (MQ=255)  atcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1168594/66‑1 (MQ=255)  atcatTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:2013882/66‑1 (MQ=255)     atTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAATGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:939630/63‑1 (MQ=255)                   gTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:1907601/49‑1 (MQ=255)                       cTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATc  <  1:822667/45‑1 (MQ=255)                                                                   | CATCATTGGCGAACCGACGTCACTACAACCGGTACGCGCACATAAAGGTCATATCTCTAACGCCATC  >  minE/2288034‑2288100

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑