Missing coverage evidence...
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GAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAATT  >  minE/2831694‑2831760                                                                   | gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:2214370/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  <  1:988785/67‑1 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:812820/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:707926/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:706302/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  <  1:705844/67‑1 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:693569/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:604183/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:559145/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  <  1:452053/67‑1 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:44500/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:429952/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:417767/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:329778/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:326948/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  <  1:1006486/67‑1 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  <  1:2152806/67‑1 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:212210/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:2034994/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:2032001/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:1899578/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:1887261/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:164528/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:1631300/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  <  1:1534413/67‑1 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:1398448/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:1325652/1‑67 (MQ=255) gAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  >  1:1253286/1‑67 (MQ=255)                    tGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAAtt  <  1:1297251/48‑1 (MQ=255)                                                                   | GAGTTCTGCCAACAACAGTTGCCAGCTATGCCAGCCAAACATCGCCTGGCCGAACCCGGCGGCAATT  >  minE/2831694‑2831760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑