Missing coverage evidence...
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CGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAT  >  minE/2959699‑2959765                                                                   | cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:2128134/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:979060/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:959600/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:8917/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:78726/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:782674/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:667391/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:605458/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:584594/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:479215/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:41299/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:363308/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:313911/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:2125936/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:2118380/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1961274/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1543980/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1183313/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1207747/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1315901/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1521447/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1526883/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1877685/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1705322/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1710725/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1750465/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1778522/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1801533/67‑1 (MQ=255) cGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1804773/67‑1 (MQ=255)  gATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1579239/66‑1 (MQ=255)  gATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:2143102/66‑1 (MQ=255)  gATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:677332/66‑1 (MQ=255)  gATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:732566/66‑1 (MQ=255)  gATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1034106/66‑1 (MQ=255)  gATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1799483/66‑1 (MQ=255)  gATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:1278875/66‑1 (MQ=255)      cGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:412099/62‑1 (MQ=255)                    gTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:951748/48‑1 (MQ=255)                           aCGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:945902/41‑1 (MQ=255)                              cTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt  <  1:747793/38‑1 (MQ=255)                                                                   | CGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAT  >  minE/2959699‑2959765

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑