Missing coverage evidence...
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GGGGCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTGAAG  >  minE/238774‑238840                                                                   | ggggCAGCGCGGAACGGTATGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:548973/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:486941/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:2115233/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:2212075/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:2219739/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:2251993/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:271104/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:40830/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:455143/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:482073/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1123644/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:52893/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:55512/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:570166/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:58379/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:747396/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:766628/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:2049440/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:210631/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1972310/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1969027/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1866331/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1854824/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1840932/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1840271/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:107621/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1150177/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1817168/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1595900/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:147484/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1256473/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:12157/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCAGTGTGGTgaag  <  1:883082/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCACCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:1831262/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCGGAACGGTAGGTACGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:2041129/67‑1 (MQ=255) ggggCAGCGCAGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:514597/67‑1 (MQ=255)  gggCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTgaag  <  1:617890/66‑1 (MQ=255)                                                                   | GGGGCAGCGCGGAACGGTAGGTATGGGCATTCCTGGCTCAATTTCGCCTTACACCGGTGTGGTGAAG  >  minE/238774‑238840

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑