Missing coverage evidence...
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*	*	÷	minE	540984	541006	23	12 [0]	[0] 19	rhtA	threonine and homoserine efflux system

CCAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAG  >  minE/541007‑541055 |                                                 ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTgag   <  1:1130409/48‑3 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1865334/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:959611/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:520659/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:243263/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:2255215/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:2187376/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:2114397/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:2100465/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1935137/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1906398/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1059800/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1756931/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1709698/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1644494/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1462799/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1411061/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1168243/49‑1 (MQ=255) ccAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAg  <  1:1130142/49‑1 (MQ=255) |                                                 CCAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAG  >  minE/541007‑541055

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑