Missing coverage evidence...
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GACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAACCC  >  minE/1080882‑1080946 |                                                                 gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCTATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:58043/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:691420/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:468740/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:472616/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:501725/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:569776/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:579766/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:592495/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:597389/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:611064/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:675921/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:353848/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:694481/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:731200/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:744467/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:750683/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:75306/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:768969/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:93194/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:936010/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:945925/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1779634/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1156246/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1174860/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1378840/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1390308/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1482228/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1554365/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1620067/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1636096/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:175071/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1072889/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1783792/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:180300/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1810853/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1811851/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:1882114/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:2018729/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:2074564/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:228744/65‑1 (MQ=255) gACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAAccc  <  1:276678/65‑1 (MQ=255) |                                                                 GACGATCGGCAATGTTGACCCCTTTCGTCCCTTCAACCGCAATCGCTTTCAGGTTTTTCGAACCC  >  minE/1080882‑1080946

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑