Missing coverage evidence...
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TAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCG  >  minE/1183409‑1183475 |                                                                   tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTTGGTAAACATCGGTATCg  <  1:762158/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:2129164/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:941078/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:694027/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:687/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:608968/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:56732/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:566612/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:561237/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:441094/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:247876/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:2310061/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:2202901/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:216971/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1125725/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:2109600/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1988686/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1972076/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1864062/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1825132/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1666956/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1623099/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1504624/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1493473/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1421560/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1364124/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1240019/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1181276/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:1143495/67‑1 (MQ=255) tAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCATCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg  <  1:53736/67‑1 (MQ=255) |                                                                   TAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCG  >  minE/1183409‑1183475

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑