Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	minE	1317688	1317690	3	15 [0]	[0] 29	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

TTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAAT  >  minE/1317691‑1317757 |                                                                   ttGCCTTTTTCGGGCTTTCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:469177/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGaa   >  1:271433/1‑66 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGaa   >  1:2295776/1‑66 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGaa   >  1:827004/1‑66 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGaa   >  1:2200586/1‑66 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGaa   >  1:2169230/1‑66 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:562901/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:29945/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:388773/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:45199/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:952165/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:619019/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:799519/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:807343/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:920050/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:922971/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:1154427/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:253934/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:2257585/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:2086129/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:2045991/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:1962166/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:192276/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:1641063/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:1611348/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:1598042/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:1423180/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:1387669/1‑67 (MQ=255) ttGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAat  >  1:1375850/1‑67 (MQ=255) |                                                                   TTGCCTTTTTCGGGCTATCACGACGAATAGGTAACATCGGTTTCATCACATAACGGTAAGCATGAAT  >  minE/1317691‑1317757

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑