Missing coverage evidence...
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CTTGTTGCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCACC  >  minE/1469909‑1469979      |                                                                  cTTGTTGCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGc       >  1:1860536/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:471401/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1931963/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1969227/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1999376/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:2072381/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:2181313/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:309697/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:405990/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:984252/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:574588/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:669835/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:8407/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:842094/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:883520/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:937459/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:973314/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1038593/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1559106/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:108035/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:117843/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1236188/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:126315/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1274780/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1323311/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1509874/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:153590/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1885069/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1632564/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1675621/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1700608/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1747417/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1781675/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:178555/1‑66 (MQ=255)      tgCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCAcc  >  1:1827385/1‑66 (MQ=255)      |                                                                  CTTGTTGCTTATCGGTAAAGATAACCTGGCGGTTATAGTGGGTATCTCCAAGCTGCGAGTTGTCGCTCACC  >  minE/1469909‑1469979

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑