Missing coverage evidence...
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CTCTTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGT  >  minE/1878774‑1878840 |                                                                   ctctTTGATTGTGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:329399/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCa                               >  1:1919561/1‑38 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGt             >  1:441810/1‑56 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:708941/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:644846/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:617129/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:533884/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:461792/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:44911/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1002060/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:288619/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:2301874/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:2294905/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:2289788/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:2284478/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:2213067/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:193440/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:794697/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1853822/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1074213/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1135277/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1183243/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1220638/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1273730/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1278740/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1306031/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1386409/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1442911/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1502864/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1514223/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1668919/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1715328/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1840500/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1892376/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAAACTGCACGGTTGCGCAGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:544374/1‑67 (MQ=255) ctctTTGATTGCGTTAGTGATGAGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGt  >  1:1356110/1‑67 (MQ=255) |                                                                   CTCTTTGATTGCGTTAGTGATGTGCGGAATAACCTGCACGGTTGCGCCGAGGTAGTCACCGCGGCGT  >  minE/1878774‑1878840

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑