Missing coverage evidence...
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GGTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCG  >  minE/2038454‑2038519 |                                                                  ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCTGTTTATGCGGCAACGGGGGCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:78620/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATTCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1749667/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1829127/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:977852/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:842253/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:766556/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:716766/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:676462/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:449345/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:365463/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:25580/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:2297723/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:2195767/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:2089553/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:2034440/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1853803/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1010701/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1763633/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1720774/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1662016/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1481731/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:144306/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1395126/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1360520/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1352069/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1242378/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1232683/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1159897/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:1146294/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:111333/66‑1 (MQ=255) ggTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGGCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCg  <  1:327320/66‑1 (MQ=255) |                                                                  GGTCTGGCAGTGGCAGGCCCGGTTTATGCGGCAACGGGGTCTAAACGCACCGCGATTCTGTGGGCG  >  minE/2038454‑2038519

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑