Missing coverage evidence...
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GCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTT  >  minE/2227324‑2227389 |                                                                  gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1996506/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:926512/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:888601/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:837388/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:803170/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:761134/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:728427/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:580670/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:563384/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:547525/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:312072/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:309488/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:288951/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:2236739/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1252092/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1906158/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1889022/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1854498/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1789562/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:176997/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1763769/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1598771/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1560874/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1536143/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:1534808/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:133510/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:129730/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGtt  <  1:126727/66‑1 (MQ=255) gCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGAATCAGtt  <  1:2165582/66‑1 (MQ=255) |                                                                  GCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTT  >  minE/2227324‑2227389

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑